Главная страница MolBiol.ru > Методы > Бактерии > Номенклатура бактерий Rambler's Top100
ГЛАВНАЯ · ПРОЕКТ · СПРАВОЧНИК · МЕТОДЫ · РАСТВОРЫ · РАСЧЁТЫ · ЛИТЕРАТУРА · ЗАДАЧИ · FULL TEXT · ОРГ.ВОПРОСЫ · WEB
ФИРМЫ · КАРТА САЙТА · COFFEE BREAK · КАРТИНКИ · РАБОТЫ И УСЛУГИ · БИРЖА ТРУДА · ФОРУМЫ · · Zbio-wiki

Номенклатура генотипа бактерий

В основном из каталога New England BioLabs

    Генотип описывает состояние ДНК организма. Упоминаются только повреждённые гены. Если ген не упомянут, то обычно неизвестно, мутантен ли он (многие лабораторные штаммы несут дополнительные, ещё не идентифицированные мутации). Гены описываются трёхбуквенным кодом (обычно - аббревиатура функции гена), наклонный шрифт. Если одна и та же функция определяется несколькими генами, то они различаются заглавной наклонной буквой. Делеции обозначаются знаком delta за которым в скобках следует список делетированных генов, например: delta(lac-pro). Все гены между указанными тоже делетированны. Специфический тип мутации обозначается арабскими цифрами.

    Фенотип штамма - наблюдаемое поведение. Например, Lac- - неспособен использовать лактозу как единственный источник углерода. Пишется с большой буквы, за обозначением следует "+" или "-" (или "r" - resistant, "s" - sensitive). Иногда (особенно, когда фенотип не очевиден) он вписывается в генотип вслед за обозначением соответствующего гена.



    AmprУстойчивость к ампициллину. Ген bla (периплазматический фермент ß-лактамаза, расщепляющий ß-лактамное кольцо ампициллина).
    araНеспособность использовать арабинозу.
    argFМутация ornithine carbamoyltransferase. Неспособность использовать аргинин.
    CmrУстойчивость к хлорамфениколу. Ген cat (ацетилирует и инактивирует антибиотик).
    damМутация аденин метилазы. Прекращается метилирование аденина в последовательности 5'-G(mA)TC-3' (позиция N6).
    NB! dam штаммы имеют повышенную частоту рекомбинации, конститутивно экспрессируют ДНК репарирующие функции, плохо трансформируются Dam модифицированными плазмидами. Они используются для того, чтобы приготовить ДНК для расщепления некоторыми метил-чувствительными рестриктазами.
    В то же время, Dam модифицированные плазмиды плохо вводятся в некоторые бактериальные штаммы (проблемы с репликацией).
    dcmМутация цитозин метилазы. Прекращается метилирование цитозина в последовательности 5'-C(mC)AGG-3' или 5'-C(mC)TGG-3' (позиция C5). Штаммы используются для того, чтобы приготовить ДНК для расщепления некоторыми метил-чувствительными рестриктазами.
    Dcm модифицированные плазмиды плохо вводятся в некоторые бактериальные штаммы (проблемы с репликацией).
    deoRМутация регуляторного гена обеспечивающая постоянную экспрессию генов для синтеза дезоксирибозы. Обеспечивает приём больших плазмид.
    dnaJМутация одного из шаперонов. Было показано, что это стабилизирует некоторые белки экспрессируемые в E.coli.
    dutМутация dUTPase. В комбинации с ung позволяет включать урацил в ДНК. Используется в некоторых процедурах для мутагенеза.
    endAМутация ДНК специфической эндонуклеазы I. Показано, что мутация улучшает выход и качество плазмид (особенно для сиквенса).
    NB! Присутствие эндонуклеазы дикого типа улучшает качество одноцепочечной ДНК.
    e14Профаг-подобный элемент, способный вырезаться из генома. Присутствует в K-12, но отсутствует во многих производных. Содержит (кроме других генов) mcrA, так что e14- производные - McrA-.
    F'F' эписома (фактор). Низкокопийная, само-передающаяся плазмида. Определяет мужской тип штамма E.coli. Необходима для инфекции бактериофагом M13. Часто содержит порцию хромосомы E.coli: lac оперон и proAB.
    galKМутация galactokinase. Неспособность использовать галактозу.
    galTМутация galactose-1-phosphate uridylyltransferase. Неспособность использовать галактозу.
    galUМутация glucose-1-phosphate uridylyltransferase. Неспособность использовать галактозу.
    glnVСмотри supE.
    gyrAМутация ДНК гиразы. Обеспечивает устойчивость к nalidixic acid.
    hflAВысокая частота лизогении. Приводит к повышенной частоте лизогении при инфекции фага лямбда.
    htpRСмотри rpoH.
    hsdME. coli K I метилаза. Прекращается метилирование аденина в последовательности 5'-A(mA)CNNNNNNGTGC-3' или 5'-GC(mA)CNNNNNNGTT-3' (позиция N6).
    hsdRE. coli (или EcoK) рестриктаза. Мутация предотвращает разрезание неметилированных последовательностей 5'-A(mA)CNNNNNNGTGC-3' или 5'-GC(mA)CNNNNNNGTT-3' (позиция N6).
    hsdR17(r-, m+)Выключена система рестрикции, но работает система модификации. Можно клонировать неметилированную ДНК. После роста в таком штамме ДНК можно вводить в r+ E.coli.
    hsdS20(r-, m-)Выключены системы рестрикции и модификации. Можно клонировать неметилированную ДНК. После роста в таком штамме ДНК остаётся неметилированной.
    KanrУстойчивость к канамицину. Ген kan (аминогликозид фосфотрансфераза - модифицирует антибиотик и предотвращает его взаимодействие с рибосомами).
    lacIqLacI - белок репрессор lac оперона. lacIq - мутация, приводящая к гиперэкспрессии этого белка и ингибированию транскрипции с lac промотора.
    lacYМутация галактозид пермеазы. Неспособность использовать лактозу.
    lacZМутация ß-D-галактозидазы. Неспособность использовать лактозу. Клетки с lacZ мутацией образуют белые колонии в присутствии X-gal; клетки дикого типа - синие.
    lacZdeltaM15delta(lacZ)M15 - частичная N-концевая делеция ß-D-галактозидазы обеспечивающая a-комплементацию с фрагментом, кодируемым фагемидами и плазмидами с сине/белой селекцией.
    NB! Часто встречаются ещё три варианта delta(lac): deltaU169, deltaX111, deltaX74. Они делетируют весь lac оперон (deltaX111 - кроме того, ещё и proAB).
    lambda(DE3)В геном интегрирован бактериофаг лямбда, несущий ген T7 RNA полимеразы.
    leuBß-изопропил малат дегидрогеназа. Для роста на минимальной среде необходим лейцин.
    delta(lon)Делеция lon протеазы (ответственна за деградацию аберрантных белков). Уменьшение протеолиза экспрессируемых эукариотических белков.
    NB! E.coli B не содержит Lon.
    malAНеспособность использовать мальтозу.
    malBmalB область содержит гены malEFG и malK malB malM. delta(malB) делетирует большую часть или весь этот район и обеспечивает отсутствие экспрессии Maltose Binding Protein (MalE).
    mcrAМутация рестриктазы. В мутантном штамме прекращается разрезание ДНК метилированной по последовательности 5'-G(mC)GC-3'.
    NB! mcrA исчезает вместе с e14.
    mcr и mrr локусы дикого типа понижают эффективность клонирования метилированных ДНК последовательностей из эукариот (но не D.melanogaster или S.cerevisiae) и некоторых бактерий.
    mcrBCМутация рестриктазы. Прекращается разрезание ДНК метилированной по последовательности 5'-G(5mC)-3', 5'-G(5hmC)-3', или 5'-G(N4mC)-3'.
    NB! delta(mcrC-mrr) делетирует шесть генов: mcrC-mcrB-hsdS-hsdM-hsdR-mrr.
    mcr и mrr локусы дикого типа понижают эффективность клонирования метилированных ДНК последовательностей из эукариот (но не D.melanogaster или S.cerevisiae) и некоторых бактерий.
    metBМутация cystathionine gamma-synthase. Для роста на минимальной среде требуется метионин.
    mrrМутация рестриктазы. В мутантном штамме прекращается разрезание ДНК метилированной по последовательностям 5'-G(mA)C или 5'-C(mA)G. Мутация так же предотвращает McrF расщепление последовательностей с метилированным цитозином.
    mcr и mrr локусы дикого типа понижают эффективность клонирования метилированных ДНК последовательностей из эукариот (но не D.melanogaster или S.cerevisiae) и некоторых бактерий.
    mtlНарушение катаболизма маннитола.
    MuMu профаг. Mud - означает, что профаг дефектный.
    mutSНарушение системы мисматч-репарации. Предотвращается репарация новой, неметилированной ДНК.
    nupGИзменяется поглощение нуклеозидов.
    ompTУстранение мембранной протеазы OmpT. Уменьшение деградации экспрессируемых белков.
    P1P1 профаг. Такие штаммы содержат систему рестрикции P1.
    P2Штамм содержит лизоген фага P2. Фаги лямбда, содержащие гены red и gam не могут расти в P2 лизогене (Spi- селекция).
    prcСмотри tsp.
    proABДля роста на минимальной среде требуется пролин.
    recAЦентральный ген систем общей рекомбинации и репарации ДНК. Мутация нарушает общую рекомбинацию и делает клетки более чувствительными к UV облучению. Подавление рекомбинации в recA1 штамме полнее, чем в recA13.
    NB! Особенно необходима при работе с >50bp прямыми повторами.
    recB, recCМутация Exonuclease V устраняющая экзонуклеазную и рекомбиназную активности. Мутации в recB или recC уменьшают на два порядка уровень общей рекомбинации (если штамм не sbcA или sbcB) и влияют на систему репарации ДНК. У recB, recC (особенно, если они sbcB, sbcC) улучшается стабильность инвертированных повторов.
    recDМутация Exonuclease V устраняющая экзонуклеазную активность, но стимулирующая рекомбиназную. Инвертированные повторы в фаге лямбда могут поддерживаться в recD штамме.
    recFНарушена межплазмидная рекомбинация.
    recJЭкзонуклеаза, вовлечённая в путь рекомбинации, отличный от recA. Вместе с recB обеспечивают RecA- фенотип. Вместе с sbcBС уменьшает перестройки Z-ДНК структур. Нарушена межплазмидная рекомбинация.
    relAОслабленный фенотип. Мутация допускает синтез RNA в отсутствии синтеза белка.
    rpsLМутация в белке S12 30S субъединицы риосомы. Мутация делает клетки устойчивыми к стрептомицину. Обозначается ещё и как strA.
    rpoHОтсутствие хит-шокового транскрипционного фактора. Предотвращается экспрессия некоторых стресс-индуцированных протеаз в дополнение к lon. Некоторые экспрессируемые белки более стабильны в rpoHam supCts штамме при высокой температуре.
    sbcBСExonuclease I. Допускает общую рекомбинацию у recBC мутантов. Вместе с recJ уменьшает перестройки Z-ДНК структур.
    SmrУстойчивость к стрептомицину. Ген str (модифицирует антибиотик и предотвращает его взаимодействие с рибосомами).
    Spi-Обозначает red-gam- мутантные производные фага лямбда, которые способны расти на E.coli P2 лизогенах.
    strAСмотри rspL.
    supB, supC, supG, supL, supM, supN, supOСупрессоры охра (UAA) и амбер мутаций (UAG). Некоторые фаги требуют для роста эту мутацию. supB - glutamic acid, supC (сейчас называется tyrT) - тирозин.
    supD, supE, supFСупрессоры амбер мутации (UAG). Некоторые фаги требуют для роста эту мутацию. supD - серин, supE (сейчас называется glnV) - глутамин, supF (сейчас называется tyrT) - тирозин.
    TetrУстойчивость к тетрациклину. Ген tet (модифицирует бактериальную мембрану и предотвращает проникновение антибиотика в клетку).
    thi-1Для роста на минимальной среде требуется витамин B1 (тиамин).
    thrДля роста на минимальной среде требуется треонин.
    Tn10Транспозон, который обычно содержит ген устойчивости к тетрациклину (Tetr).
    Tn5Транспозон, который обычно содержит ген устойчивости к канамицину (Kanr).
    tonAМутация внешнего мембранного белка. Устойчивость к бактериофагу T1.
    traDМутация transfer factor. Предотвращает самоперенос F' эписомы.
    trpRДля роста на минимальной среде требуется триптофан.
    tspДелеция, устраняющая периплазматическую протеазу которая может деградировать секретируемые (или цитоплазматические - после лизиса) белки.
    tsxУстойчивость к бактериофагу T6 и colicin K.
    tyrTСмотри supC, supF.
    umuCКомпонент пути SOS репарации. Мутация гена уменьшает перестройки обратных повторов.
    uvrCКомпонент системы UV репарации. Мутация гена уменьшает перестройки обратных повторов.
    xylНеспособность использовать ксилозу.
    ungМутация uracil N-glycosylase. Предотвращается устранение включённого в ДНК урацила (что приводит к сайту без основания).
    ф80Клетки содержат лямбдоидный профаг ф80. Дефектный профаг ф80 несущий lacZdeltaM15 присутствует во многих штаммах.




    MolBiol.ru: http://molbiol.ru
    e-mail: redactor@molbiol.ru
    просмотров: 18423


Смотри также:
/ссылки на сетевые ресурсы/


    Дополнения, комментарии, вопросы





       
Дата последней модификации: 30/07/13

ГЛАВНАЯ · ПРОЕКТ · СПРАВОЧНИК · МЕТОДЫ · РАСТВОРЫ · РАСЧЁТЫ · ЛИТЕРАТУРА · ЗАДАЧИ · FULL TEXT · ОРГ.ВОПРОСЫ · WEB
ФИРМЫ · КАРТА САЙТА · COFFEE BREAK · КАРТИНКИ · РАБОТЫ И УСЛУГИ · БИРЖА ТРУДА · ФОРУМЫ · · Zbio-wiki

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

molbiol.ru  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама

molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов   Rambler