Главная страница MolBiol.ru > Методы > ДНК из геля > С помощью центрифугирования Rambler's Top100
ГЛАВНАЯ · ПРОЕКТ · СПРАВОЧНИК · МЕТОДЫ · РАСТВОРЫ · РАСЧЁТЫ · ЛИТЕРАТУРА · ЗАДАЧИ · FULL TEXT · ОРГ.ВОПРОСЫ · WEB
ФИРМЫ · КАРТА САЙТА · COFFEE BREAK · КАРТИНКИ · РАБОТЫ И УСЛУГИ · БИРЖА ТРУДА · ФОРУМЫ · · Zbio-wiki

Выделение ДНК из агарозного геля с помощью центрифугирования

Очень быстрый способ. Но, по-моему, PEG/TAE всё же удобнее.

    Для простых применений не требующих количественной элюции, DNA не слишком большого размера (<5kbp) можно выделить из агарозы с эффективностью >50% с помощью spin-центрифугирования через любой относительно крупнопористый фильтр. Можно использовать коммерческие spin-колонки, можно приготовить колонку самому (в качестве фильтра использовать GF/-, Whatman 3MM, типчик с аэрозольным фильтром и т.п).



  1. вырезать нужный кусок геля;
  2. поместить в spin-фильтр;
  3. ЦФ 1-5';
  4. собрать элюат.


MolBiol.ru: http://molbiol.ru
e-mail: redactor@molbiol.ru
просмотров: 15961


    Комментарии

    Общие

  • Если использовать для электрофореза буфер TAE, выделенную ДНК без дальнейшей очистки можно использовать для лигирования, реакции Random Primer. Примесь агарозы не ингибирует рестрикцию.
  • Короткое описание метода создаёт иллюзию, что он самый удобный, но по нашему опыту элюция в PEG/TAE всё же удобнее.
  • Мы не рекомендуем использовать этот метод, если предполагается дальнейшая очистка DNA, так как тот же PEG/TAE даёт существенно более чистый стартовый материал.


  • Дополнение от Барановой Анчи (ИОГЕН РАН).

    Для простых применений (а также не только для самых простых) ДНК из геля можно выделить без всяких приспособлений, в том числе без мембраны.


    1. вырезаем нужную полоску и кладем в ПЦР-пробирку;
    2. кладем ПЦР-пробирку с гелем на -70OС на 5-10', потом размораживаем. Опять кладем, опять размораживаем. Если есть желание, повторяем это все и в третий раз. Если нет -70OС, кладем на -20OС. Если нет времени, достаточно однократного замораживания;
    3. берем иголку и делаем в дне ПЦР-пробирки с гелем маленькую дырочку;
    4. вставляем ПЦР-пробирку с дыркой в эппендорф. Крышка не закрывается: можно ее отрезать, если кому мешает;
    5. центрифугируем двойную пробирку на настольной центрифужке на минимальных оборотах 1' или меньше (чтоб вода вниз провалилась, а гель остался);
    6. и все: ТАЕ-буфер во внешнем эппендорфе содержит ДНК. Эта ДНК пригодна не только для ПЦР, но и для радиоактивного меченья без переосаждения (неоднократно проверено!). Смело добавляйте Кленов и буквы ( +, если есть желание, и буфер).

    P.S. Для рестрикции лучше все-таки ДНК переосадить.

    Дополнения, комментарии, вопросы

    distemper /26.12.2005 06:49/
    Если разгоняли в ТАЕ (лучше 0.5Х) то можно и в сиквенс. Тоже неоднократно проверено.



    МарМышка /26.12.2005 12:12/
    А в чем разница: делать форез на ТАЕ или ТВЕ?



    Urrу /26.12.2005 17:22/
    (МарМышка @ 26.12.2005 09:12)
    Ссылка на исходное сообщение  А в чем разница: делать форез на ТАЕ или ТВЕ?


    в трис-ацетате как правило лучше разрешение при разделении фрагментов от 2 тпн и длинее по сравнению с трис-боратом, а так же скорость движения таких фрагментов выше, зато буферная ёмкость по сравнению с трис-боратом у него ниже - истощается если гнать долго. Кроме того ТВЕ более эффективно разделяет короткие фрагменты - менее 2 тпн - и особенно от 300 пн и короче в концентрированной агарозе - 2% и более...



    Гость /21.02.2008 19:34/
    как думаете, можно ли этот метод применить для выделения белкового комплекса из агарозы? Я делаю в настоящее время путем электроэллюции в диализный мешок, но проблема - большие потери комплекса, по дороге он еще и разваливается часто, в общем, есть ли у кого-то встречный опыт? Буду благодарна за совет.



    Virus-71 /20.06.2008 09:08/
    Подскажите пожалуйста методику переосаждения ДНК после выделения из геля.



    Guest /20.06.2008 10:35/
    1/10 объема 3М ацетета (Na,K без разницы) и 1V изопропанола, морозите минут 30, цнтрифугируете, омываете осадок 70% этанолом и вуаляsmile.gif



    guest: Andrei /20.06.2008 12:41/
    Замораживаем пробирку с гелем в жидком азоте, извлекаем замороженный гель, заворачиваем в парафильм, прижимаем сверху куском стекла, нееежно давим теплым пальцем попутно отбирая пипеткой вытекающую жидкость. Останется только переосадить.








       


Смотри также:
/ссылки на сетевые ресурсы/


Дата последней модификации: 30/07/13

ГЛАВНАЯ · ПРОЕКТ · СПРАВОЧНИК · МЕТОДЫ · РАСТВОРЫ · РАСЧЁТЫ · ЛИТЕРАТУРА · ЗАДАЧИ · FULL TEXT · ОРГ.ВОПРОСЫ · WEB
ФИРМЫ · КАРТА САЙТА · COFFEE BREAK · КАРТИНКИ · РАБОТЫ И УСЛУГИ · БИРЖА ТРУДА · ФОРУМЫ · · Zbio-wiki

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

molbiol.ru  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама

molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов   Rambler