Главная страница MolBiol.ru > Методы > Экспрессия > Частота встречаемости кодонов Rambler's Top100
ГЛАВНАЯ · ПРОЕКТ · СПРАВОЧНИК · МЕТОДЫ · РАСТВОРЫ · РАСЧЁТЫ · ЛИТЕРАТУРА · ЗАДАЧИ · FULL TEXT · ОРГ.ВОПРОСЫ · WEB
ФИРМЫ · КАРТА САЙТА · COFFEE BREAK · КАРТИНКИ · РАБОТЫ И УСЛУГИ · БИРЖА ТРУДА · ФОРУМЫ · · Zbio-wiki

Частота встречаемости кодонов в различных организмах

Для того, чтобы проанализировать частоты встречаемости кодонов в конкретной последовательности, можно воспользоваться интерактивной формой, имеющейся на сайте.

    Одна из проблем при экспрессии белков связана с редкими кодонами в кодирующей последовательности. В таблице приведены частоты встречаемости (на 1000) кодонов в генах различных организмов. Если бы распределение было равномерным, то частота для всех кодонов была бы в районе 16.4.

    Представленные данные взяты из "Codon-Usage Database" содержащей 392,382 полных кодирующих последовательностей (CDS's) для 11,713 организмов. Об этой базе данных можно прочитать в статье "Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases: status for the year 2000". Nakamura, Y., Gojobori, T. and Ikemura, T. (2000) Nucl. Acids Res. 28, 292.

    О влиянии редких кодонов на экспрессию белков можно почитать в обзоре: "Effects of rare codon clusters on high-level expression of heterologous proteins in Escherichia coli" [Review article] James F Kane Current Opinion in Biotechnology 1995, 6:494-500.



    HUM Homo sapiens
    MUS Mus musculus
    DRO Drosophila melanogaster
    ATH Arabidopsis thaliana
    YSC Saccharomyces cerevisiae
    PICH Pichia pastoris
    ECO Escherichia coli



Частота встречаемости кодонов для различных организмов

    Амино-
    кислота
    КодонОрганизм
    HUMMUSDROATHYSCPICHECO
    ArgCGA6.26.68.56.33.04.44.1
    CGC10.69.518.13.82.62.218.3
    CGG11.510.48.24.91.82.06.5
    CGU4.64.78.89.06.46.818.8
    AGA11.911.65.218.921.320.24.5
    AGG11.911.96.310.99.36.62.6
    LeuCUA7.17.98.29.913.410.94.5
    CUC19.720.213.816.15.47.510.1
    CUG39.939.938.39.810.515.145.8
    CUU13.113.28.924.112.315.712.6
    UUA7.66.54.412.726.215.615.0
    UUG12.813.316.120.927.131.212.9
    SerUCA12.211.67.818.218.715.410.0
    UCC17.718.019.511.214.216.29.3
    UCG4.54.316.79.38.67.18.5
    UCU15.116.07.025.123.423.911.0
    AGC19.419.620.511.39.77.715.0
    AGU12.112.511.514.014.212.810.8
    ThrACA15.015.811.115.717.813.710.8
    ACC19.019.121.310.312.614.321.3
    ACG6.15.814.57.78.06.013.8
    ACU13.013.69.517.620.222.311.0
    ProCCA16.917.113.516.118.118.48.7
    CCC19.918.318.05.36.86.75.6
    CCG7.06.216.08.65.34.219.3
    CCU17.518.46.918.713.516.08.0
    AlaGCA15.915.912.817.516.215.021.6
    GCC28.026.433.610.412.616.523.8
    GCG7.56.614.19.06.23.827.9
    GCU18.520.214.428.421.129.017.4
    GlyGGA16.416.817.724.210.919.110.7
    GGC22.421.626.69.29.88.025.5
    GGG16.515.34.710.26.05.811.6
    GGU10.811.513.222.323.826.024.9
    ValGUA7.17.46.49.911.89.812.0
    GUC14.615.513.912.811.614.814.0
    GUG28.328.927.817.410.812.223.4
    GUU11.010.610.927.322.027.120.1
    LysAAA24.221.716.830.842.030.435.6
    AAG32.034.139.632.730.834.713.1
    AsnAAC19.120.626.320.924.826.121.1
    AAU16.815.521.122.335.824.623.0
    GlnCAA12.111.515.719.427.325.314.4
    CAG34.234.336.515.212.216.228.0
    HisCAC15.115.216.08.77.89.18.8
    CAU10.810.310.613.713.711.912.5
    GluGAA28.726.921.034.345.739.037.9
    GAG39.639.942.732.319.329.718.8
    AspGAC25.226.524.617.320.226.218.8
    GAU21.721.227.536.737.736.032.9
    TyrUAC15.316.318.313.814.718.212.0
    UAU12.112.110.814.718.815.218.4
    CysUGC12.612.013.27.14.74.26.0
    UGU10.511.05.410.58.07.75.4
    PheUUC20.421.921.920.718.419.815.6
    UUU17.417.013.221.826.223.622.6
    IleAUA7.47.19.512.617.811.78.3
    AUC20.922.922.918.617.119.622.6
    AUU15.815.416.521.530.130.829.7
    MetAUG22.122.923.624.521.018.125.9
    TrpUGG13.212.39.912.510.410.313.8
    TerUAA (ochre)1.00.70.80.91.00.92.0
    UAG (amber)0.80.60.60.50.50.50.3
    UGA (opal)1.61.20.51.10.70.31.0
    Количество CDS's824093953538522731341416411114046
    Количество кодонов353543051833033920352622286415356414021643594261052




Смотри также:
/ссылки на сетевые ресурсы/




Преобразование белковой последовательности в нуклеотидную для разных организмов

В индексах указаны вероятности присутствия данного нуклеотида в процентах.

    Амино-
    кислота
    нукле-
    отид
    Организм
    HUMMUSDROATHYSCPICHECO
    Arg1C58A42C57A43C79A21A55C45A69C31A64C36C87A13
    2G
    3G41A32C19U8G41A33C17U9C33G26A25U16A47G29U17C7A55G25U14C6A58G20U16C5U34C33G17A16
    Leu1C80U20C80U20C77U23C64U36U56C44C51U49C72U28
    2U
    3G53C20A15U13G53C20A14U13G61C15A14U10G33U26A24C17A42G40U13C6G48A28U16C8G58A19U12C10
    Ser1U61A39U61A39U61A39U72A28U73A27U75A25U60A40
    2C61G39C61G39C61G39C72G28C73G27C75G25C60G40
    3C46U34A15G6C46U35A14G5C48U22G20A9U44C25A20G10U42C27A21G10U44C29A19G9C38U34A15G13
    Thr1,2AC
    3C36A28U24G11C35A29U25G11C38G26A20U17U34A31C20G15U34A30C22G14U40C25A24G11C37G24A19U19
    Pro1,2CC
    3C32U29A28G11C31U31A28G10C33G29A25U13U38A33G18C11A41U31C16G12A41U35C15G9G46A21U19C13
    Ala1,2GC
    3C40U26A23G11C38U29A23G10C45G19U19A17U43A27C16G14U38A29C22G11U45C26A23G6G31C26A24U19
    Gly1,2GG
    3C34A25G25U16C33A26G23U18C43A28U21G8A37U34G15C14U47A22C19G12U44A32C14G10C35U34G16A15
    Val1,2GU
    3G46C24U18A12G46C25U17A12G47C24U18A11U41G26C19A15U39A21C21G19U42C23G19A15G34U29C20A17
    Lys1,2AA
    3G57A43G61A39G70A30G51A49A58G42G53A47A73G27
    Asn1,2AA
    3C53U47C57U43C55U45U52C48U59C41C51U49U52C48
    Gln1,2CA
    3G74A26G75A25G70A30A56G44A69G31A61G39G66A34
    His1,2CA
    3C58U42C60U40C60U40U61C39U64C36U57C43U59C41
    Glu1,2GA
    3G58A42G60A40G67A33A52G48A70G30A57G43A67G33
    Asp1,2GA
    3C54U46C56U44U53C47U68C32U65C35U58C42U64C36
    Tyr1,2UA
    3C56U44C57U43C63U37U52C48U56C44C54U46U61C39
    Cys1,2UG
    3C55U45C52U48C71U29U60C40U63C37U65C35C53U47
    Phe1,2UU
    3C54U46C56U44C62U38U51C49U59C41U54C46U59C41
    Ile1,2AU
    3C47U36A17C50U34A16C47U34A19U41C35A24U46A27C26U50C32A19U49C37A14
    Met1,2,3AUG
    Trp1,2,3UGG
    Stop1U
    2A53G47A52G48A74G26A56G44A68G32A82G18A70G30
    3A76G24A76G24A68G32A80G20A77G23A71G29A91G9


MolBiol.ru: http://molbiol.ru
e-mail: redactor@molbiol.ru
просмотров: 17297

    Дополнения, комментарии, вопросы





       
Дата последней модификации: 30/07/13

ГЛАВНАЯ · ПРОЕКТ · СПРАВОЧНИК · МЕТОДЫ · РАСТВОРЫ · РАСЧЁТЫ · ЛИТЕРАТУРА · ЗАДАЧИ · FULL TEXT · ОРГ.ВОПРОСЫ · WEB
ФИРМЫ · КАРТА САЙТА · COFFEE BREAK · КАРТИНКИ · РАБОТЫ И УСЛУГИ · БИРЖА ТРУДА · ФОРУМЫ · · Zbio-wiki

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

molbiol.ru  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама

molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов   Rambler