Главная страница MolBiol.ru > Расчёты > Нукл. последовательности > Простые преобразования Rambler's Top100  English version
ГЛАВНАЯ · ПРОЕКТ · СПРАВОЧНИК · МЕТОДЫ · РАСТВОРЫ · РАСЧЁТЫ · ЛИТЕРАТУРА · ЗАДАЧИ · FULL TEXT · ОРГ.ВОПРОСЫ · WEB
ФИРМЫ · КАРТА САЙТА · COFFEE BREAK · КАРТИНКИ · РАБОТЫ И УСЛУГИ · БИРЖА ТРУДА · ФОРУМЫ · · Zbio-wiki

Операции с нуклеотидной последовательностью

Форма проводит простейшие манипуляции с нуклеотидной последовательностью. Можно проводить как одиночные преобразования, так и несколько преобразований за раз.

    Название (не обязательно):  
    Нуклеотидная последовательность без названия:
    игнорируются любые знаки, кроме: agctuswrymkhbdvn
    в качестве символов пробела воспринимаются
    : "nn nn", "nn·nn", "nn.nn"

    строчные
    заглавные
    как в исходной
    T       U

    сохранять пробелы?
    нет    да
       

       выводить по нуклеотидов в строке;
       вывести исходную последовательность;
       прочитать последовательность в обратном направлении;
       прочитать комплементарную последовательность в 5' --> 3' направлении;
       прочитать комплементарную последовательность в 3' --> 5' направлении.
       вывести двухцепочечную последовательность.

    Прочитать нуклеотидную последовательность вслух можно с помощью специальной программы. Создать случайную последовательность заданной длины и GC-состава можно с помощью программы "Случайная последовательность нуклеотидов". Чтобы транслировать последовательность можно воспользоваться формой "Трансляция нуклеотидной последовательности". Если нужно найти редкие кодоны, то лучше использовать форму "Поиск редких кодонов в кодирующей последовательности" (кстати, она выдаёт пронумерованные последовательности).



    Стандартные обозначения полиморфных позиций:

    СимволОбозначаетОбъяснение
    RA или GpuRine
    YC или TpYrimidine
    MA или CaMino
    KG или TKeto
    SC или Gсильное /Strong/ взаимодействие - три
    водородные связи
    WA или Tслабое /Weak/ взаимодействие - две
    водородные связи
    H(A, C, T) но не GH следует за G в алфавите
    B(C, G, T) но не AB следует за A в алфавите
    V(A, C, G) но не T(U)V следует за T(U) в алфавите
    D(A, G, T) но не CD следует за C в алфавите
    N(A, G, C, T)любое основание / Nucleotide


MolBiol.ru: http://molbiol.ru
e-mail: redactor@molbiol.ru
просмотров: 61237

    Дополнения, комментарии, вопросы





       


Смотри также:
/ссылки на сетевые ресурсы/


Дата последней модификации: 30/07/13

ГЛАВНАЯ · ПРОЕКТ · СПРАВОЧНИК · МЕТОДЫ · РАСТВОРЫ · РАСЧЁТЫ · ЛИТЕРАТУРА · ЗАДАЧИ · FULL TEXT · ОРГ.ВОПРОСЫ · WEB
ФИРМЫ · КАРТА САЙТА · COFFEE BREAK · КАРТИНКИ · РАБОТЫ И УСЛУГИ · БИРЖА ТРУДА · ФОРУМЫ · · Zbio-wiki

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

molbiol.ru  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама

molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов   Rambler