Складні розчини

Про перерахунок рецептів на довільний об'єм:

TE

1x; pH7.4; 7.6; 8.0; (зберігати при 4^oC).

Конц. Stock 1ml 5ml 10ml 50ml 400ml Tris Cl 10mM 1M 10µl 50µl 100µl 500µl 4ml EDTA 1mM 0.5M 2µl 10µl 20µl 100µl 800µl H2O   mQ 988µl 4.94ml 9.88ml 49.4ml 395ml

10x:

Конц. Stock 1ml 5ml Tris Cl 0.1M 1M 0.1ml 0.5ml EDTA 10mM 0.5M 20µl 0.1ml H2O mQ   880µl 4.4ml

стерилізація автоклавуванням.




STE

1x; (зберігати при 4^oC).

Конц. Stock 1ml 5ml 10ml 50ml NaCl 0.1M 5M 20µl 100µl 200µl 1.0ml Tris Cl, pH8.0 10mM 1M 10µl 50µl 100µl 0.5ml EDTA, pH8.0 1mM 0.5M 2µl 10µl 20µl 100µl H2O   mQ 0.968ml 4.84ml 9.68ml 48.4ml

10x:

Конц. Stock 1ml 5ml NaCl 1.0M 5M 0.2ml 1.0ml Tris Cl 0.1M 1M 0.1ml 0.5ml EDTA 10mM 0.5mM 20µl 0.1ml H2O mQ   680µl 3.4ml

стерилізація автоклавуванням.




SSC

20x; pH 7.0; (зберігати при NT).

Конц. Stock 0.5L 1.5L 2L NaCl 3M 58.44g/M 87.66g 263.0g 350.6g Na3C6H5O7x 5.5H2O 0.3M 357.1g/M 53.57g 160.7g 214.3g H2O   mQ 440.3ml 1.32L 1.76L

p =1.103




TAE

1x pH=7.6:

Tris-ацетат 40mM
EDTA 1mM

(зберігати великий запас при 4^oC, робочу кількість (~100ml) при нормальній температурі)

Конц. Stock 100ml 150ml 200ml 250ml Tris-основа 2M 121.1g/M 24.22g 36.33g 48.44g 60.55g EDTA 0.05M 372.3g/M 1.862g 2.792g 3.723g 4.654g Оцтова к-та ~1M 17.4M ~5.71ml ~6.00g ~8.57ml ~9.00g ~11.42ml ~12.00g ~14.28ml ~15.00g H2O   mQ

p(50x)=1.0878

зручно спочатку розчинити Tris та EDTA, а вже потім додати кислоту для доведення рН.




TBE

10x, pH ~8.3;(зберігати при нормальній температурі у прозорій пляшці)

1x 10x Stock 1L Tris основа 89mM 0.89M 121.14g/M 107.8g Борна кислота 89mM 0.89M 61.83g/M 55.03g EDTA, pH 8.0 2mM 20mM 500mM 40ml 43.84g H2O     mQ 863.3ml

10х концентрований розчин є стабільним при нормальній температурі, якщо його профільтрувати через 0.4µm фільтр;

для ПААГ використовують 1х розчин, для агарозного гелю - 0,5х;

для агарозних гелей його використовують при розділі малих (< 200п.о.) фрагментів. Звичайно вважають, що очищення фрагментів з TBE-гелей є складнішим.




FGRB

50x (formaldehyde gel-running buffer), p=1.104g/ml (зберігати при +4^oC):

Конц. Stock 0.5L 1.0L 2.0L MOPS (pH7.0) 1.0M 209.27g/M 104.64g 209.27g 418.54g AcONax3H2O 0.5M 136.08g/M 34.02g 68.04g 136.08g EDTAx2H2O 50mM 372.3g/M 9.31g 18.62g 37.23g H2O   mQ 404.0ml 808ml 1616ml

Конц. Stock 0.5L 1.0L 2.0L MOPS (pH7.0) 1.0M 209.27g/M 104.64g 209.27g 418.54g AcONa безводний 0.5M 82.04g/M 20.51g 41.02g 82.04g EDTA x 2H2O 50mM 372.3g/M 9.31g 18.62g 37.23g H2O   mQ 417.5ml 835ml 1670ml

довести до pH7.0 додаванням 10N NaOH (на 500ml буфера ~22ml), стерилізувати фільтруванням через 0.22µm фільтр;

при зберіганні на світлі розчин стає жовтим, але це не впливає на його якість.




GTGB

20x /Glycerol tolerant gel buffer/ (зберігати при +4^oC):

Конц. Stock 1L 1.5L 2.0L 2.5L Tris основа 1.78M 121.14g/M 216g 324g 432g 540g Таурин 0.56M 125.15g/M 72g 108g 144g 180g Na2EDTAx2H2O 10.7mM 372.3 g/M 4g 6g 8g 10g H2O   mQ 802ml 1203ml 1604ml 2005ml

p=1.094

Таурин: C₂H₇NO₃S; Mw=125.15g/M.




TGB

Tris-Glycine buffer 5x, pH8.3, (зберігати основний запас при +4^oC, робочу кількість при NT).

1x Конц. Stock 1L 1.5L Tris-base 25mM 125mM 121.1g/M 15.1g 22.71g Glycine 250mM 1.25M 75.05g/M 94g 141g SDS 0.1% 0.5% 10% 50ml 75ml H2O     mQ




Буфер для нанесення

10x, (зберігати при NT).

Конц. Stock 1ml 5ml 10ml 25ml Xilene cyanol 0.1% твердий 1.0mg 5.0mg 10mg 25.0mg Bromph. blue 0.1% твердий 1.0mg 5.0mg 10mg 25.0mg ДСН 0.5% 10% 50µl 250µl 500µl 1.25ml EDTA, pH8.0 0.1M 0.5M 0.2ml 1.0ml 2.0ml 5.0ml Гліцерол 50% 100% 0.5ml 0.625g 2.5ml 3.125g 5.0ml 6.25g 12.5ml 15.63g H2O   mQ 0.25ml 1.25ml 2.5ml 6.25ml




PEG-NaCl

(зберігати при 4^oC).

Конц. Stock 50ml 100ml 150ml 200ml NaCl 1.6M 58.44g/M 4.675g 9.35g 14.03g 18.70g PEG-6000 13% твердий 6.50g 13.00g 19.50g 26.00g

або:

Конц. Stock 50ml 100ml 150ml 200ml NaCl 1.6M 5M 16ml 18.97g 32ml 37.95g 48ml 56.92g 64ml 75.90g PEG-6000 13% 40% 16.25ml 32.50ml 48.75ml 65.00ml




SM

(зберігати при 4^oC).

Конц. Stock 10ml 50ml 100ml 150ml NaCl 0.1M 5M 200µl 1.0ml 2.0ml 3.0ml MgSO4* 10mM 1M 100µl 0.5ml 1.0ml 1.5ml Tris Cl, pH7.5 50mM 1M 0.5ml 2.5ml 5.0ml 7.5ml Желатин 0.01% 2% 50µl 0.25ml 0.5ml 0.75ml H2O   mQ 9.15ml 45.75ml 91.5ml 137.25ml

* - додати після автоклавування




STM

(зберігати при 4^oC):

Конц. Stock 50ml NaCl 10mM 5M 100µl Tris Cl pH8.0 50mM 1M 2.5ml MgCl2 10mM 1M 500µl H2O   mQ 46.9ml




TM

(зберігати при 4^oC):

Конц. Stock 50ml Tris Cl pH8.0 50mM 1M 2.5ml MgCl2 10mM 1M 500µl H2O   mQ 47.0ml




Денатуруючий буфер

(зберігати при NT).

Конц. Stock 100ml 150ml 300ml 500ml 750ml NaCl 1.5M 58.44g/M 8.766g 13.15g 26.30g 43.83g 65.75g NaOH 0.5M 10M 5ml 6.65g 7.5ml 9.97g 15ml 19.94g 25ml 33.23g 37.5ml 49.84g     40g/M 2g 3g 6g 10g 15g




Нейтралізуючий буфер

(зберігати при NT).

Конц. Stock 150ml 300ml 500ml 750ml Tris Cl, pH7.4 1M 121.1g/M 18.15g 36.3g 60.5g 90.75g NaCl 1.5M 58.44g/M 13.15g 26.30g 43.83g 65.75g HCl ~0.81M 11.6M/L ~10.5ml ~21ml ~35ml ~52.5ml EDTA (не обов'язково) 1mM 0.5M 0.3ml 0.6ml 1ml 1.5ml




Проявник Рентген-2

(зберігати при NT у темряві).

500ml 800ml 1l Метол 1.1g 1.76g 2.2g Na2SO3 36.0g 57.6g 72.0g Гідрохінон 4.4g 7.04g 8.8g Na2CO3 24.0g 38.4g 48.0g KBr 2.0g 3.2g 4.0g H2O 490ml 784ml 980ml

розчинити у наданій послідовності; r=1.115.




Фіксаж БКФ 2

(зберігати при NT).

500ml 800ml 1l Na2S2O3x 5H2O 130g 208g 260g NH4Cl 25g 40g 50g Піросульфіт натрію 8.5g 13.6g 17g H2O 398ml 636.8ml 796ml

розчинити у наданій послідовності; r=1.123.




Сцинтиляційний розчин

(зберігати при нормальній температурі у темряві):

0.5L 1L PPO 2.50g 5.00g POPOP 0.05g 0.10g Толуен




І плазмідний розчин

(зберігати при +4^oC)

Конц. Stock 50ml 100ml 150ml 200ml Глюкоза 50mM 2M 1.25ml 1.41g 2.5ml 2.825g 3.75ml 4.24g 5.0ml 5.56g Tris Cl, pH 8.0 25mM 1.0 M 1.25ml 2.5ml 3.75ml 5.0ml EDTA 10mM 0.5 M 1.0ml 2.0ml 3.0ml 4.0ml H2O   mQ 46.5ml 93ml 139.5ml 186ml




ІІ плазмідний розчин

Конц. Stock 0.5ml 1ml 2.5ml 5.0ml 6.5ml 8.5ml 11ml NaOH 0.2N 1N 0.1ml 0.2ml 0.5ml 1.0ml 1.3ml 1.7ml 2.2ml ДСН 1% 10% 0.05ml 0.1ml 0.25ml 0.5ml 0.65ml 0.85ml 1.1ml H2O   mQ 0.350ml 0.7ml 1.75ml 3.5ml 4.55ml 5. 95ml 7.7ml




Суміш для фарбування олігонуклеотидного гелю

(зберігати при NT).

Конц. Stock 100ml 200ml 300ml 500ml AcONa(5.2) 0.5M 3M 17ml 33ml 50.0ml 83ml Met. blue 0.04% 0.2% 20ml 40ml 60ml 100ml H2O   mQ 73ml 127ml 190ml 317ml




2M розчин Mg²⁺

(зберігати при NT).

Конц. Stock 200ml MgCl2x6H2O 1M 203.3g/M 40.66g MgSO4x7H2O 1M 246.48g/M 49.30g H2O   mQ 144.6g

p=1.173g/ml.




HSB (f⁺)

гібридизаційний буфер з високим вмістом ДСН (зберігати основний запас при 4^oC, робочу кількість при нормальній температурі)

Конц. Stock 500ml ДСН 7% твердий 35g Формамід 50% 100% 250ml 283.3g SSC 5x 20x 125ml 145.3g Блок. реагент 2% твердий 10g NaP (pH 7.0) 50mM 1M 25ml 27.6g N-Lauroylsarcosine Na 0.1% 10% 5ml 5.1g ДНК з молок лосося 50µg/ml 10µg/µl 2.5ml H2O   mQ 49ml

p=1.111

блокуючий реагент - порошок від "Roche Diagnostics GmBH; у минулому - Boehringer Mannheim" #1096176. Замість 2% блокуючого реагенту можна використовувати 10х розчин Денхардта або 2% розчин знежиреного сухого молока.

можна розчинити блокуючий реагент лише у буфері з високою іонною силою (у даному випадку, у H₂O+SSC+NaP).

ДНК з молок лосося повинна бути подрібненою та денатурованою.




Буфери для рестрикції 10x

А.

Конц. Stock 100µl 1ml Tris Ac (pH7.9 37oC) 33mM 1M 33µl 330µl MgAc 10mM 1M 10µl 100µl KAc 66mM 5M 13.2µl 132µl DTT 0.5mM 1M 0.5µl 5µl H2O   mQ 43.3µl 433µl

B.

Конц. Stock 100µl 1ml Tris Cl (pH 8.0 37oC)) 10mM 1M 10µl 100µl MgCl2 5mM 1M 5µl 50µl NaCl 100mM 5M 20µl 200µl b-Me 1mM 1M 1µl 10µl H2O   mQ 64µl 640µl

L.

Конц. Stock 100µl 1ml Tris Cl (pH 7.5 37oC) 10mM 1M 10µl 100µl MgCl2 10mM 1M 10µl 100µl DTT 1mM 1M 1µl 10µl H2O   mQ 79µl 790µl

M.

Конц. Stock 100µl 1ml Tris Cl (pH7.5 37oC) 10mM 1M 10µl 100µl NaCl 50mM 5M 10µl 100µl MgCl2 10mM 1M 10µl 100µl DTT 1mM 1M 1µl 10µl H2O   mQ 69µl 690µl

H.

Конц. Stock 100µl 1ml Tris Cl (pH7.5 37oC) 50mM 1M 50µl 50µl MgCl2 10mM 1M 10µl 100µl NaCl 100mM 5M 20µl 200µl DTT 1mM 1M 1µl 10µl H20   mQ 19µl 190µl




Розчин Денхардта 50x

(зберігати при -20^oC)

Конц. Stock 50ml 300ml 1L Фікол 400 1% твердий 0.5g 3.0g 10g Полівинил піролидон 1% твердий 0.5g 3.0g 10g BSA (fr V) 1% твердий 0.5g 3.0g 10g H2O   mQ 46.7ml 292.2ml 974ml

p=1.004

фільтрування;

можна приготувати 100x.




PBS

pH(1x)=7.4, (зберігати при NT або при 4^oC):

1x Конц. Stock 100ml 500ml KH2PO4 1.7mM 17mM 136.1g/M 0.231g 1.157g Na2HPO4 5.2mM 52mM 142g/M 0.738g 3.692g NaCl 150mM 1.5M 58.44g/M 8.77g 43.83g H2O   mQ

1x Конц. Stock 100ml 500ml KH2PO4 1.7mM 17mM 136.1g/M 0.231g 1.157g Na2HPO4x7H2O 5.2mM 52mM 268.1g/M 1.394g 6.971g NaCl 150mM 1.5M 58.44g/M 8.77g 43.83g H2O   mQ

стерилізація автоклавуванням;

рН залежить від концентрації; тому перевіряйте рН лише у розведеному 1х буфері;

рН 10х розчину повинен бути ~6,8 (при необхідності довести додаванням NaOH).




SSPE

pH 7.4

Конц. Stock 1L NaCl 3M 58.44g/M 175g NaH2PO4xH2O 200mM 137.99g/M 27.6g EDTA 20mM 372.24g/M 7.4g

довести рН додаванням 10N NaOH.





РНКаза (що не містить ДНКази)

(зберігати при -20^oC, робочі кількості можна зберігати при 4^oC)

1. розчинити 10mg/ml у 1-50mM AcONa (pH4.5);
2. 15хв. нагрівати у окропі, потім повільно охолодити до нормальної температури;




Буфер для зберігання РНКази

(зберігати при -20^oC).

Конц. Stock 1ml 5ml 10ml Tris Cl, pH7.6 10mM 1M 10µl 50µl 100µl Гліцерол 50% 100% 0.5ml 0.630g 2.5ml 3.152g 5.0ml 6.305g H2O   mQ 0.486g 2.43g 4.86g




Протеїназа K

(зберігати при +4^oC, тривале зберігання при –20^oC):
20mg/ml розчин у 10mM Tris Cl, 1.0mM CaCl₂, 30% гліцерол.




EDTA/глікоген

20x (зберігати при -20^oC):

Конц. Stock 1.0ml EDTA 0.2M 0.5M 400 µl глікоген 1mg/ml 20mg/ml 50 µl H2O   mQ 550 µl




Буфер RQ1 для ДНКази

10x (зберігати при -20^oC):

Конц. Stock 1ml Tris Cl (pH8.025oC) 0.4M 1M 400µl NaCl 0.1M 5M 20µl MgCl2 60mM 1M 60µl CaCl2 0.1M 1M 100µl H20   mQ 420µl




Буфер для зберігання ДНКази

(зберігати при -20^oC).

Конц. Stock 1ml 1.5ml 2.5ml 5ml 10ml Tris Cl, pH 7.0 20mM 1M 20µl 30µl 50µl 100µl 200µl NaCl 50mM 5M 10µl 15µl 25µl 50µl 100µl DTT 1mM 1M 1µl 1.5µl 2.5µl 5.0µl 10µl Гліцерол 50% 100% 0.5ml 0.630g 0.75ml 0.9g 1.25ml 1.58g 2.5ml 3.15g 5.0ml 6.31g H2O   mQ 0.485g 0.73g 1.21g 2.42g 4.85g

"Практична Молекулярна Біологія" http://molbiol.ru/ukr
e-mail: editor@molbiol.ru