Биохимия, правила для авторов

Материал из Zbio

Перейти к: навигация, поиск


Книги // Журнал "Биохимия"

Содержание


[править] Смотрите также


[править] Общие положения

1.1. Ежемесячный международный журнал «Биохимия» («Biochemistry», Moscow) Российской академии наук и Российского биохимического общества издается и распространяется одновременно на русском (НПО «Наука») и английском (МАИК «Наука/Интерпериодика», Pleiades Publishing Inc. и Springer Science+Business Media Inc.).


1.2. Журнал «Биохимия» публикует работы по всем разделам биохимии, а также смежных наук — молекулярной биологии, биоорганической химии, микробиологии, физиологии и медицинской биохимии.


1.3. К публикации принимаются законченные оригинальные работы, содержащие новые экспериментальные результаты; методические работы, включающие описание новых методов биохимических исследований; материалы теоретического характера с изложением новых принципов, подходов для решения тех или иных биохимических задач.

Раздел «Краткие сообщения» публикует короткие статьи заявочного, приоритетного характера, требующие скорейшей публикации (срок — 4 месяца). В сопроводительном письме в редакцию авторам следует мотивировать необходимость ускоренного прохождения материала.

Журнал печатает заказанные редколлегией (или предлагаемые авторами и одобренные редколлегией) обзоры по наиболее актуальным проблемам биохимии и смежных наук.

В рубрике «Новости биохимии» публикуются краткие, яркие мини-обзоры.

Раздел «Дискуссии» предоставляет авторам возможность опубликовать комментарии, критические замечания и иные соображения по по-воду напечатанных ранее на страницах журнала работ, выступить с новой гипотезой. Раздел носит полемический характер и печатает ответные реплики затронутых в публикациях сторон (объем — до 4 машинописных страниц).

В журнале печатаются хроники конгрессов, съездов и конференций с кратким изложением наиболее сенсационных сообщений.


1.4. Журнал индексируется по англоязычной версии и включен в библиографические базы данных Biochemistry and Biophysics Citation Index, Biological Abstracts, BIOSIS Database, Chemical Abstracts, Chemical Titles, Current Contents/Life Science, Excerpta Medica, Index Internacional de Cardiologia, Index Medicus (MEDLINE), International Abstracts of Biological Sciences, The ISI Alerting Service, Science Citation Index, Science Citation Index Expanded, SCOPUS, Compendx.


1.5. С 1996 г. журнал открыл и постоянно обновляет собственную страницу в Интернете на английском языке, где представлены содержания всех выпусков журнала с резюме статей, ключевыми словами и адресами авторов. В свободном доступе также находятся две-три лучшие статьи каждого выпуска с полным текстом, рисунками, таблицами и пр., а также в полном объеме тематические выпуски журнала с 1997 года, посвященные наиболее актуальным проблемам биохимии.


1.6. С 2003 г. на сайте журнала открыта рубрика «Papers in Press», где размещаются рукописи, получившие высшие оценки при рецензировании и принятые по решению редколлегии к публикации, до выхода статьи в свет.


[править] Порядок подачи рукописей

2.1. Редакция принимает на рассмотрение рукописи в напечатанном виде в сопровождении электронных носителей (перед отправкой в редакцию их необходимо проверить на наличие компьютерных вирусов), а также поступившие по электронной почте.


2.2. Рукопись можно прислать в редакцию по электронной почте в форме присоединенных файлов (attachment) на адрес редакции biochem@maik.ru или ответственного секретаря ozrina@bio.chem.msu.ru.


2.3. Материал статьи — текст, включая резюме на русском и английском языках, список литературы, подписи к рисункам и таблицы оформляются одним файлом и отдельными файлами рисунки. Если пересылаемый материал велик по объему, следует использовать программы для архивирования.

Все страницы рукописи, в том числе таблицы, список литературы, рисунки и подписи к ним, следует пронумеровать. Кроме того, в тексте надо указать, где следует расположить рисунки/таблицы.

На отдельной странице прилагаются сведения об авторах с указанием адресов, контактных телефонов, факса и электронной почты, а также указывается автор, ответственный за переписку с редакцией, включая работу с корректурой.


2.4. В качестве электронных носителей могут быть использованы дискеты 3,5" или CD-ROM.


2.5. Одновременно с русским желательно представить (только в электронном виде) английский вариант рукописи — аутентичный перевод русского текста.


2.6. При подаче рукописи авторам следует прислать в редакцию сопроводительное письмо, в котором надо указать, что представленный материал не был ранее нигде опубликован и не находится на рассмотрении на предмет публикации в других изданиях.

Авторам, гражданам России, следует также указать, что работа может быть опубликована в открытой печати и выполнена в плановом порядке того учреждения, где они работают.


[править] Требования к оформлению рукописей

3.1. Текст статьи должен быть изложен по возможности сжато и тщательно отредактирован, но без ущерба для ее понимания и воспроизведения результатов.


3.2. Рукопись должна быть построена следующим образом:

  1. заглавие,
  2. инициалы и фамилии авторов,
  3. полные названия учреждений, их адрес, факс и электронная почта,
  4. текст резюме,
  5. ключевые слова,
  6. текст статьи.


Заглавие должно быть максимально кратким, информативным, не содержащим сокращений.

Если авторы статьи из разных учреждений, то около каждой фамилии (надстрочной цифрой в конце) следует указать, кто в каком работает, а также кто из авторов ответствен за переписку с редакцией (звездочка рядом с надстрочной цифрой).

Для каждого из авторов приводится развернутое название учреждения с полным почтовым адресом, факсом и электронной почтой.

Резюме должно быть кратким (не более 250 слов), сжато и ясно описывающим основные конкретные результаты работы и вытекающие из нее выводы.

Ключевых слов — не более 7.

После ключевых слов отдельной строкой следует привести краткое заглавие статьи (Running title).

Текст статьи должен быть разбит на разделы:

  1. Введение,
  2. Методы исследования,
  3. Результаты исследования,
  4. Обсуждение результатов (объединенный раздел «Результаты и их обсуждение» допускается в тех случаях, когда обсуждение невелико по объему),
  5. Список литературы,
  6. резюме на английском языке.


Во введении кратко излагается история вопроса с обязательным рассмотрением работ, в которых аналогичные или близкие исследования уже проводились, и формулируется цель исследования.

Основное требование к изложению методов исследования состоит в том, чтобы процедуры были описаны максимально кратко, но по описанию можно было воспроизвести эксперименты; сюда же должны быть включены использованные в работе материалы и реактивы с указанием фирмы и страны-производителя. Только новые методы следует детально описывать; на ранее опубликованные и общеизвестные методы достаточно сослаться в Списке литературы; если метод известен не слишком широко, желательно изложить его принцип и указать автора. Не допускаются ссылки на методы по типу «нуклеазу измеряли методом [7]» или «по [7]».

Результаты исследования обычно представлены рисунками и таблицами; те эксперименты, которые не нуждаются в документации, описываются в тексте. В этом разделе не следует приводить развернутое обсуждение результатов, можно ограничиться объяснением причинно-следственных связей между описываемыми экспериментами.

Раздел «Обсуждение результатов» должен содержать интерпретацию результатов, а не их повторение. Желательно основные результаты иллюстрировать простой и наглядной схемой. В конце раздела указываются источники финансирования данной работы.

Список цитируемой литературы (правила цитирования см. ниже) должен быть максимально кратким, но содержащим ссылки на все принципиально важные последние публикации по данному вопросу. В журнале принята последовательная нумерационная система цитирования, т.е. по ходу изложения указывается порядковый номер процитированного источника (в квадратных скобках), соответствующий номеру в Списке литературы.

В конце статьи дается резюме на английском языке, являющееся аутентичным переводом заглавия статьи, инициалов и фамилий авторов в английской транскрипции, названий учреждений с почтовыми адресами, номерами факсов, электронно-почтовыми адресами, текста резюме и ключевых слов.


[править] Оформление рукописи

3.3.1. Объем экспериментальной статьи, включая список литературы, таблицы, рисунки и подписи к ним, резюме на английском языке, не должен превышать 20 машинописных страниц, количество рисунков — не более 8 (3 рисунка считаются за 1 страницу); краткое сообщение — не более 12 страниц и 4 рисунков (таблицы); мини-обзор — не более 16 страниц и 5 рисунков; обзор — не более 35 страниц и 9 рисунков; сообщения в разделе «Дискуссии» — до 4 страниц.


3.3.2. Текстовые файлы следует представлять в формате Microsoft Word (версии 6.0 и более поздние), шрифт для основного текста — Times New Roman, размер букв 12, полтора интервала, в одну колонку без выравнивания по правому краю, без переноса слов, с полями 4 см с левой стороны, на странице — не более 30 строк.

Для оформления текста можно использовать курсив, полужирные начертания, подстрочные и надстрочные индексы, греческие и математические символы в соответствии со стилевым оформлением журнала.

Стиль оформления текстового материала на электронных носителях должен быть простым: без запрограммированных заголовков, вставок, ссылок на литературные источники (гиперссылок); без увеличения межстрочных и межбуквенных интервалов; без использования шаблонов — в окне «стиль» должно быть «обычный»). Особенно это относится к «Списку литературы», так как запрограммированные порядковые номера при переносе в издательскую программу просто исчезают.


3.3.3. Таблицы следует приводить в тех случаях, когда данные не могут быть четко изложены в тексте.

Каждая таблица оформляется на отдельной странице и имеет свой заголовок. Колонки в таблице должны быть озаглавлены; необходимо стремиться к максимальной краткости заголовков колонок, не давать величин, легко выводимых из имеющихся (например, разность или проценты). Повторение одних и тех же данных в тексте, таблицах и на рисунках не допускается.


3.3.4. Рисунки к статье следует выполнять в любом графическом редакторе для векторной графики (Origin, Illustrator, CorelDraw и др.), что позволит устранить искажения и добиться максимальной четкости изображения при печати. Цветные иллюстрации к печати не принимаются за исключением случаев, когда это необходимо для понимания излагаемого материала.

В редакцию должен быть представлен файл с одним из следующих расширений: для схем и графиков, содержащих тонкие линии, -.WMF или -.EPS, для полутоновых рисунков и фотографий -.TIF, или -.BMP с реальным разрешением не менее 300 dpi.

Размер рисунка не должен превышать 7 см в длину (на одну колонку) или 14 см (на две колонки) в случаях, когда большой формат необходим для ясности изображения. Все буквы, цифры, символы и значки на рисунке должны быть не менее 1,5 и не более 3 мм.

Следует избегать сканирования рисунков из книг и др. печатных изданий, так как такие файлы дают низкое качество при печати и имеют неоправданно большой размер.

Рисунок должен содержать обозначения координатных осей (измеряемый параметр и единицы измерения), а также кривых и других деталей. Надписи по осям выполняются шрифтом Arial. Линии внутри рисунка следует пронумеровать (цифры выполняются курсивом), и в подрисуночной подписи (не на рисунке!) дать пояснения к каждой линии. Экспериментальные точки предпочтительно представлять заштрихованными и незаштрихованными кружками, квадратами, треугольниками, ромбами. Отдельные кривые могут различаться также сплошным или пунктирным изображением. Все линии должны быть изображены четко с толщиной линий (обычно 3 пункта), позволяющей уменьшить рисунок до принятых размеров.

Рисунок должен иметь заголовок и информативную подрисуночную подпись, делающую смысл его понятным без обращения к тексту (указываются условия, специфические для данного эксперимента); ссылки на основной текст допускаются, чтобы избежать повторений и неясностей.

Подписи к рисункам следует сгруппировать в последовательном порядке и оформить как отдельный раздел в конце рукописи после резюме на английском языке.

Аминокислотные, нуклеотидные и пр. последовательности часто изображаются в форме, требующей строго вертикального расположения компонентов. Поэтому во избежание ошибок и необходимости проверять большие количества сложной информации авторы должны представлять в редакцию материалы такого рода в виде, пригодном для репродукции.

Для написания химических формул используется программа ChemWindows.

Длинные сложные математические формулы следует представлять в виде рисунков без подписей. Каждую формулу нужно дать отдельным файлом, название которого соответствует номеру формулы; при подготовке данных файлов следует руководствоваться правилами подготовки графических материалов, учитывая, что формула обычно размещается только на одну колонку.

Несоблюдение правил приготовления графического материала приводит к необходимости переделки авторами рисунков и задержке публикации рукописи.


3.3.5. Список цитируемой литературы печатается с указанием фамилий и инициалов всех авторов как отдельный раздел рукописи. Ниже приводятся примеры ссылок на журналы, книги, сборники, диссертации.

1. Гладышева, И.П., Замолодчикова, Т.С., Соколова, Е.А., Ларионова, Н.И. (1999) Биохимия, 64, 1244-1249.

2. Rodrigues Macedo, M.L., Machado Freire, M.G., Cabrini, E.C., Toyama, M.H., Novello, J.C., and Marangoni, S. (2003) Biochim. Biophys. Acta, 1621, 170-182.

3. Клесов А.А., Березин  И. В. (1980) Ферментативный катализ, Изд-во МГУ, Москва.

4. Ryan, С. А. (1981) in The Biochemistry of Plants, vol. 6 (Marcus, A., ed.), Academic Press, N.Y., pp. 351-370.

5. Гендролис А.А., Серебрянников  Н. В., Гандель  В. Г. (1978) В кн. Простагландины (под. ред. Ажгихина  И.С), Медицина, Москва, с. 332-347.

6. Walsh, М.Р. (1985) in Calcium and Cell Physiology (Martel, D., ed.), Springer-Verlag, Berlin, pp. 170-203.

7. Гандельман O.A. (1992) Кинетика и механизм биолюминесцентного окисления люциферина светляков. Дис. канд. хим. наук, МГУ, Москва.


3.3.6. Все физические величины рекомендуется приводить в международной системе СИ.


3.3.7. Физико-химические символы в тексте, структурные формулы органических соединений и математические формулы должны быть набраны на компьютере. В математических формулах необходимо выделить курсив, строчные и прописные буквы, которые мало различаются по своему начертанию: P и p, C и c, K и k и т.п.

В буквенных обозначениях отношений единиц в качестве знака деления следует применять косую черту, например моль/с (моль в секунду). В более сложных выражениях одновременно с косой чертой применяют скобки, чтобы избежать двусмысленности: a/(bc), но не a/b/c или a/bc; (a/b)c, но не a/b·c. Отношения можно также представить в виде произведения символов единиц, возведенных в степень (положительную и отрицательную), например моль·с-1. Не допускаются выражения типа мА/гель, мкмоль/мин·мг белка и т.п. В таких случаях следует писать: мА на 1 столбик геля, мкмоль/мин на 1 мг белка и т.п.


3.3.8. При подготовке статьи необходимо учесть правила использования символов, сокращений, условных обозначений и пр., рекомендованные Комиссией по биохимической номенклатуре Международного биохимического союза. Сокращенные обозначения, приведенные в настоящих правилах, обязательны для авторов. Их можно применять без специальной расшифровки (определения). Символы и сокращения, не указанные в приведенном списке, подлежат определению на первой странице, подстрочно, под заголовком «Принятые сокращения».

Следует помнить, что сокращения создают помехи для читателя, поэтому их применение должно быть сведено к минимуму. Ясность и недвусмысленность важнее краткости. С другой стороны, применение сокращений названий веществ и других терминов в ряде случаев представляется оправданным, в особенности в уравнениях, таблицах, на рисунках.

Названия простых веществ можно заменить их формулами, например NaCl вместо «хлорид натрия», CH3COOH или AcOH вместо «уксусная кислота». При составлении сокращенных обозначений веществ следует широко пользоваться стандартными химическими символами (C, H, O, P, S, Na, C1 и т.д.), тривиальными названиями (фолат и т.п.) и их символами (Me — метил, Pr — пропил, Ac — ацетил и т.д.).

Для обозначения аминокислотных остатков в полипептидах и белках рекомендуется использовать однобуквенные символы вместо трехбуквенных:

АланинAlaA
АргининArgR
АспарагинAsnN
Аспарагиновая кислотаAspD
Аспарагиновая кислота или аспарагинAsxВ
ВалинValV
ГистидинHisH
ГлицинGlyG
ГлутаминGinO
Глутаминовая кислотаGluE
Глутаминовая кислота или глутаминGlxZ
ИзолейцинIleI
ЛейцинLeuL
ЛизинLysK
МетионинMetM
ПролинProP
СеринSerS
ТирозинTyrY
ТреонинThrT
ТриптофанTrpW
ФенилаланинPheF
ЦистеинCysC


Макромолекулы, построенные из повторяющихся единиц, могут быть обозначены с помощью приставки «поли» или подстрочного индекса n. Например, полилизин можно обозначить как поли(Lys) или (Lys)n; полимер, построенный из чередующихся остатков аланина и лизина, — поли(Ala-Lys) или (Ala-Lys)n; аналогичный полимер со случайным распределением остатков аланина и лизина — поли(А1а, Lys) или (Ala, Lys)n. Индекс n можно заменить числом — средним, например (Lys)10, или с указанием пределов, например (Lys)8-12.

При трехбуквенном обозначении аминокислотных остатков белков следует использовать прямые буквы, из которых первая — заглавная, а остальные — строчные.

Согласно правилам генетической номенклатуры для написания генов используют в основном трехбуквенное обозначение латинскими буквами, написанными курсивом (Italic) (кроме дрозофилы и некоторых других организмов). Соответствующие продукты (белки) обозначают заглавными буквами прямого начертания. У прокариот нормальные гены обозначают строчными буквами со знаком «плюс» в верхнем индексе (например, proA+); мутантные гены — также строчными буквами с номером мутации (например, proA-22). У эукариот нормальные гены обозначают заглавными буквами (например, LEU2), мутантные — строчными буквами с номером мутации, если необходимо (например, leu2-3).

Символы, используемые для сахаров:

АрабинозаAra
2-ДезоксирибозаdRib
ГалактозаGal
ГлюкозаGlc
КсилозаXyl
МаннозаMan
РибозаRib
ФруктозаFru
ФукозаFuc


Если необходимо указать — фураноза или пираноза, — следует написать буквы f или p после символа сахарида, например Ribf — рибо-фураноза.

Для нуклеозидов, нуклеотидов и полинуклеотидов используются следующие символы:

АденозинA
ГуанозинG
ИнозинI
КсантозинX
РибозилтиминT
УридинU
Аденозин-5’-моно-, ди- и трифосфатыAMP, ADP, ATP
Гуанозин-5’-моно-, ди- и трифосфатыGMP, GDP, GTP
Оротидин-5’-моно-, ди- и трифосфатыOMP, ODP, OTP
Риботимидин-5’-моно-, ди- и трифосфатыrTMP, rTDP, rTTP
Уридин-5’-моно-, ди- и трифосфатыUMP, UDP, UTP
Цитидин-5’-моно-, ди- и трифосфатыCMP, CDP, CTP


Соответствующие дезоксирибонуклеотиды обозначаются добавлением латинской строчной буквы d перед трехбуквенным символом, например dATP, dGTP и т.д.

Обозначение изомеров AMP: 2’-АМР, 3’-АМР, 5’-АМР, 3’:5’-АМР (аденозин-3’:5’-монофосфат, сАМР).

Ниже приведены символы, используемые для нуклеиновых кислот:

Дезоксирибонуклеиновая кислотаДНК
Комплементарная ДНКкДНК
Митохондриальная ДНКмтДНК
Рибонуклеиновая кислотаРНК
Митохондриальная РНКмтРНК
Матричная (информационная) РНКмРНК
Рибосомная РНКрРНК
Транспортная РНКтРНК
тРНК с указанием акцепторной специфичноститРНКAla, тРНКGlu и т.д.
Изоакцепторная РНКтРНК1, тРНК2 и т.д.
Аминоацилпроизводные тРНКAlaтРНК, GluтРНК и т.д.


Полифосфоинозитиды и продукты их гидролиза рекомендуется обозначать следующими символами:

ФосфатидилPtd
Инозитид ДНКIns
ФосфатP


Например, PtdIns(4,5)P2 символизирует фосфатидилинозитид-4,5-бисфосфат.

Для названия ферментов допускаются сокращения (с пояснением в сноске «Принятые сокращения») типа Г6ФДГ (глюкозо-6-фосфатдегидро-геназа); нет возражений против замены названия субстрата, входящего в тривиальное наименование фермента, стандартной аббревиатурой, например АТРаза, Glu-декарбоксилаза и т.п.

Прочие сокращения, не требующие специальной расшифровки:

БСАбычий сывороточный альбумин
ДЭАЭ-целлюлозадиэтиламиноэтил целлюлоза
КМ-целлюлозаО-карбоксиметил целлюлоза
ПААГполиакриламидный гель
ТХУтрихлоруксусная кислота
ЭГТАэтиленгликоль-бис-(амино-этилэфир)тетраацетат
ЭДТАэтилендиаминтетраацетат
CoA, CoASHкоэнзим А
Ацил-CoAацилкоэнзим А
Ds-Naдодецилсульфат натрия
FAD, FADH2флавинадениндинуклеотид и его восстановленная форма
FMN, FMNH2рибофлавин-5’-фосфат и его восстановленная форма
GSH, GSSGглутатион и его окисленная форма
G-белокгуаниннуклеотидсвязывающий регуляторный белок
IgGиммуноглобулин G
NAD, NAD+, NADHникотинамидадениндинуклеотид, его окисленная и восстановленная формы
NADR NADP+, NADPHникотинамидадениндинуклеотидфосфат, его окисленная и восстановленная формы
Piнеорганический фосфат
PPiнеорганический пирофосфат
РОРОР1,4-бис-(5-фенилоксазолил-2)-бензол
РРО2,5-дифенилоксазол
Q, QH2убихинон, убихинол


Термины, обозначающие групповые понятия (жирные кислоты, белок, вирус и т.п.), а также краткие термины (фолат, фуран и т.п.) не сокращаются. Не следует сокращать понятия типа «центральная нервная система», «красные кровяные клетки», «внеклеточная жидкость», а также названия тканевых препаратов, буферов, суспензионных сред.

Стандартные экспериментальные физико-химические методы и связанные с ними термины могут быть обозначены в тексте общепринятыми аббревиатурами из заглавных букв русского алфавита:

ДОВдисперсия оптического вращения
КДкруговой дихроизм
ГЖХгазожидкостная хроматография
ЖХВДжидкостная хроматография высокого давления
ИК- и УФ-спектроскопияинфракрасная и ультрафиолетовая спектроскопия
ТСХтонкослойная хроматография
ЭПРэлектронный парамагнитный резонанс
ЭСРэлектронный спиновый резонанс
ЯМРядерный магнитный резонанс
Ds-Na-ПААГ-электрофорезэлектрофорез в полиакриламидном геле в присутствии додецилсульфата натрия


3.3.9. Номенклатура веществ, меченных изотопами. Символ изотопа помещается в квадратных скобках перед названием соединений (без пробела): [14C]мочевина, [α-14C]лейцин, L-[метил-14C]метионин. Если соединение содержит больше одного атома изотопа и позиция этих атомов не указывается, то число атомов изотопа обозначается подстрочным индексом справа от символа: [14C2]гликолевая кислота. Символом U обозначается равномерное распределение метки: запись [U-14C]глюкоза означает, что изотоп 14C распределен равномерно между всеми шестью положениями. Символ G указывает, что все позиции содержат изотоп, но его распределение между позициями необязательно равномерно: [G-14C]глюкоза. В последнем случае достаточно писать: [14C]глюкоза.

Приставка, указывающая изотоп, ставится перед той частью названия вещества, к которой она относится: йод[14C]уксусная кислота, 1-амино-[14C]метилциклопентанол (H2N14СН2С5Н8ОН), фруктозо-1,5-[1-32Р]дифосфат. Термины типа 131I-меченый альбумин не следует сокращать до [131I]альбумин, поскольку нативный альбумин не содержит йода; приемлемо обозначение [131I]йодальбумин.

Если вещество содержит изотопы нескольких элементов, их символы располагаются в алфавитном порядке: [3-14C, 2,3-D15N]серин. Дейтерий можно обозначать символами 2Н или D, тритий — 3Н или Т.

Положение изотопа в соединении следует обозначать арабскими цифрами, греческими буквами или приставками, которые помещаются внутри квадратных скобок перед символом изотопа и отделяются от него дефисом: [1-3Н]этанол, L-[α-14C]лейцин, [карбокси-14C]лейцин, [3,4-14C],35S]метионин, L-[метил-14C]метионин.

Те же правила применяются и в том случае, если соединения обозначены стандартными символами: [α-32Р]АТР, [32Р]СМР (не СМ32Р!). Однако радиоактивные неорганические фосфат и пирофосфат можно обозначить 32Рi и 32РР соответственно.

Изотопы в простых молекулах, написанных формулами, обозначаются без квадратных скобок: 14CO2, H218O, D2O, H235SO4, 32PO43- (но [32Р]фосфат). Квадратные скобки не ставятся, когда символ изотопа присоединяется к словам, не являющимся названием определенного соединения, а также к словам, обозначающим групповые названия соединений: 131I-меченый, 3H-лиганды, 14C-стероиды, 14C-аминокислоты.

При описании результатов экспериментов с использованием изотопов радиоактивность следует, если возможно, выражать в абсолютных величинах — кюри (Ки) или беккерелях (Бк), или распадах/мин (DPM), или имп/мин (СРМ).


3.3.10. Ниже приведены рекомендации по оформлению конкретных разделов, принятые в международной биохимической литературе (см. Biochem. J., 289, 1-15 (1993)).

Животные, растения, микроорганизмы. Для всех экспериментальных животных, кроме обычных лабораторных, следует указывать полные родовое и видовое названия; то же относится и к растениям. Необходимо указать разновидности, штаммы и, если возможно, источник материала. В сообщениях о влиянии изменений в питании приводится состав питательных смесей.

Названия микроорганизмов в резюме и при первом упоминании в тексте должны быть приведены полностью, с указанием родового и видового названий и напечатаны курсивом (Italic); далее по тексту родовое название обозначается одной заглавной (первой) буквой, а видовое печатается полностью. Необходимо указать номер в коллекции, из которой получены микроорганизмы, или номер штамма (не курсивится). Если обсуждаются два рода с одинаковой первой буквой, можно использовать сокращения типа Strep. и Staph.; если в тексте речь идет о семействах (например, эубактерии, молочнокислые бактерии) или о роде в целом (например, стафилококковые), то соответствующие названия печатаются обычным шрифтом.

Центрифугирование. Если условия центрифугирования имеют решающее значение, то следует сообщить необходимые сведения, позволяющие воспроизвести эксперимент: описание центрифужного ротора, количественный состав суспензионной среды, температуру процесса, время работы ротора с постоянной скоростью (исключая время на разгон и торможение), скорость центрифугирования в единицах g, приведенную к усредненному радиусу вращения столбика жидкости. Например, «центрифугирование проводили в течение 15 мин при 2° и 10 000g (rcp 8 cм)».

При центрифугировании в градиенте плотности нужно указать тип использованной центрифуги и ротора, температуру, состав градиента. Результаты лучше всего представлять в виде зависимости от расстояния до центра ротора, а не от номера фракции; в таком случае не обязательно указывать верхнюю и нижнюю части градиента. Если используются номера фракций, то верх и низ градиента должны быть отмечены.

Ультрацентрифугирование описывается следующими символами и единицами: коэффициент седиментации (не константа) — s; коэффициент седиментации при нулевых концентрациях в воде при 20° — s020, в; единицы Сведберга (10-13s) — S; удельный объем частицы — v ; коэффициент диффузии — D, коэффициент диффузии в воде при 20° — D020, в. Нужно указывать температуру, при которой проводились седиментация и диффузия.

Хроматография. Фотографии и рисунки бумажных и тонкослойных хроматограмм публикуются только тогда, когда несут информацию, которую сложно описать в тексте. Скорость движения вещества относительно фронта растворителя в бумажной или тонкослойной хроматографиях описывается величиной его Rf. Соотношение смеси растворителей лучше всего описывать так: бутан-1-ол : СН3СООН : Н2О (4 : 4 : 1, по объему).

Диаграммы элюирования для колоночной хроматографии должны быть представлены так, чтобы объем элюента возрастал слева направо.

Единицы концентрации и объема должны быть указаны. Следует также приводить размеры колонки и, если возможно, ее свободный объем (V0). Максимум пика элюции характеризуется величиной Ve (объем элюции) или, лучше, коэффициентом распределения (α или KD). Калибровочные кривые для колонок (зависимость распределения молекулярных масс от Ve или KD) не представляются.

Электрофорез. Фотографии электрофоретического разделения в гелях публикуются, если содержат важную информацию. В тексте должны быть оговорены состав среды, pH, температура, электрофоретические подвижности (m), рабочее напряжение. Для обозначения изоэлект-рических точек используется символ pI.

Ферменты. В вопросах номенклатуры ферментов авторам следует придерживаться рекомендаций последнего издания «Enzyme Nomenclature» (Acad. Press, San Diego, New York, 1992). В каждой статье следует оговаривать единицы количества ферментов, что может быть сделано в терминах скорости реакции, катализируемой в определенных условиях. Единица СИ для скорости составляет 1 моль превращенного субстрата (или 1 моль образующегося продукта) в 1 секунду. Это дает единицу количества фермента, называемую katal (символ — kat). Единицы количества фермента также можно выразить через его количество, обеспечивающее определенную скорость реакции, например 1 мкмоль субстрата, превращаемого в 1 мин.

При определении концентрации белков часто используют стандартные белковые растворы (например, БСА); в таких случаях следует указать тип белка, его источники, если возможно, влажность.

Константы скорости прямых и обратных реакций в многостадийном ферментативном процессе следует обозначать k+n и k-n соответственно. Константа Михаэлиса (Кm) определяется как концентрация субстрата ([S]), при которой v = V/2, где V (Vmax) — скорость реакции в условиях насыщения фермента субстратом, v — скорость образования продукта или расходования субстрата. Если в реакции участвуют два субстрата — А и В, то KAm = [А] при v = V/2 и [В], стремящейся к бесконечности; значение [А] при v = V/2 и конечной концентрации В, которая должна быть указана, следует называть кажущейся константой Михаэлиса для A (KAm каж). В ферментативной кинетике используются также понятия: Кs — константа диссоциации фермент-субстратного комплекса, Кj — константа диссоциации фермент-ингиби-торного комплекса, [I]50 — концентрация ингибитора, вызывающая полумаксимальное торможение реакции, h — коэффициент Хилла — параметр уравнения Хилла, используемого для описания S-образных зависимостей v от концентрации субстрата или модификатора (см. также рекомендации по символам и терминологии в ферментативной кинетике в «Arch. Biochem. Biophys.» за 1983 г. (224, 732-740)).

Количество вещества, молекулярная масса и дальтон, молярная концентрация. В Международной системе единиц СИ за единицу количества вещества (n) принят моль — количество вещества, содержащее столько же структурных единиц (молекул, атомов, ионов, электронов или др.), сколько атомов углерода содержится в 0,012 кг углерода-12 (постоянная Авогадро NA = = 6,02×1023 1/моль показывает число структурных единиц в 1 моле любого вещества). Молярная масса (М) — масса 1 моля вещества (m/n), имеет размерность г/моль или кг/моль. Ясно, что масса вещества (m, г), количество вещества (n, моль) и молярная масса (М, г/моль) — понятия разные и между ними существует простое соотношение: m = nM. Для обозначения массы биохимических объектов преимущественно используют величины относительной молекулярной массы (Mr прежнее наименование — «молекулярный вес») — отношение массы молекулы вещества к 1/12 массы атома углерода-12, следовательно, величина безразмерная, и молекулярной массы — массы одной молекулы вещества, выраженной в дальтонах (Да — дальтон — 1/12 массы атома углерода-12 или M/NA). Таким образом, про некий белок можно сказать, что он имеет относительную молекулярную массу 50 000 (Mr = 50 000) или молекулярную массу 50 000 Да (лучше 50 кДа), в тексте его можно обозначить 50 000 Mr-белок или 50 кДа-белок. Некорректно выражать Mr в дальтонах, по всей статье следует использовать либо Mr, либо молекулярную массу (кДа).

При описании растворов следует давать молярную концентрацию (М, мМ, мкМ и т.д.), показывающую, сколько молей вещества содержится в 1 л раствора, но не нормальную концентрацию (н.). Концентрацию указывают в десятичной системе (0,25 М НС1). Использование процентных выражений концентрации следует уточнять дополнением: m/m или m/V или V/V, например 5%-ный раствор (m/V) означает 5 г на 100 мл. Для водных растворов с концентрацией, меньшей 1%, уточнение m/V не приводится, так как ясно, что концентрация определяется массой растворенного вещества. Для растворов солей, выраженных в процентах, следует указывать, были ли использованы кристаллогидраты или безводные соли.

Нуклеотидная последовательность. Авторам следует знать, что последовательность нуклеотидов должна быть определена в обеих цепях ДНК. Для публикации обычно достаточно четкого описания таких определений и наличия полного сиквенса.

Степени в таблицах и на рисунках. Часто авторы, желая избежать чисел с большим количеством знаков, в заголовках таблиц или на рисунках используют степени; в таких случаях необходима большая аккуратность. Здесь лучше пояснить примерами: 1) концентрацию 0,00015 М можно записать 15×10-5 М, лучше степень заменить соответствующей приставкой — 0,15 мМ или 150 мкМ; если же речь идет о выражении данной концентрации в таблице или на рисунке, то под заголовком «Концентрация, мМ» следует писать 0,15 или под заголовком «Концентрация, мкМ» — 150, или, если заголовок «Концентрация ×105, М», то 15 (но не 15 под заголовком «Концентрация, М ×105»!); 2) если значение некоего k равно 0,002, то следует писать 2 под заголовком «103 k»; если указано 2 под заголовком «10-3 k», то это означает, что k равно 2000; 3) сложные количественные выражения записываются аналогично: выражение 1/[S] = 200 М-1 будет выглядеть как 2 под заголовком «10-2/[S], М-1» или как 0,2 под заголовком «1/[S], мМ-1». Удобно пользоваться квадратными скобками для обозначения концентрации.

Ниже приведены десятичные приставки к единицам измерения и соответствующие символы, которыми рекомендуется пользоваться.

* по возможности избегать (за исключением см)
СтепеньПриставкаСимвол
1012тераТ
109гигаГ
106мегаМ
103килок
102гектог*
10декада*
10-1децид*
10-2сантис*
10-3миллим
10-6микромк
10-9нанон
10-12пикоп
10-15фемтоф
10-18аттоа


Комбинация приставки и символа единиц измерения считается одним символом и может возводиться в степень без скобок, например мМ-1 и см2.

Буферные растворы следует так описывать, чтобы читатель мог воспроизвести условия эксперимента. Полезно бывает дать в разделе «Методы исследования» или при первом упоминании полный состав буферного раствора, например: 0,09 М CH3COONa/0,01 M CH3COOH, pH 5,6 (это означает, что буферная смесь приготовлена из данных компонентов в указанных концентрациях). Далее по тексту можно коротко указать: 0,1 M натрий-ацетатный буфер, рН 5,6 — суммарную концентрацию всех входящих в раствор ионизированных веществ. Если буфер содержит два и более видов ионизированных веществ, например пиридин и СН3СООН, то следует указать концентрацию каждого компонента.

Некоторые буферы широко известны по тривиальным названиям, образованным первыми буквами их химических названий, и не нуждаются в расшифровке:

Aces2-[(2-Амино-2-оксоэтил)амино]этансульфоновая кислота
Ada[(Карбомоилметил)амино]диуксусная кислота
Bes2-[Бис-(2-гидроксиэтил)амино]этансульфоновая кислота
BicineN,N-Бис-(2-гидроксиэтилглицин)
Bistris2-[Бис-(2-гидроксиэтил)амино]-2-(гидроксиметил)пропан-1,3-диол
Hepes4-(2-Гидроксиэтил)-1-пиперазин-этансульфоновая кислота
Hepps4-(2-Гидроксиэтил)-1-пиперазин-пропансульфоновая кислота
Mes4-Морфолин-этансульфоновая кислота
Mops4-Морфолин-пропансульфоновая кислота
Pipes1,4-Пиперазин-диэтансульфоновая кислота
Taps3-([2-Гидрокси-1,1-бис-(гидроксиметил)этил]амино)-1-пропансульфоновая кислота
Tes2-([2-Гидрокси-1,1-бис-(гидроксиметил)этил]амино)-1-этансульфоновая кислота
TricineN-[2-Гидрокси-1,1-бис-(гидроксиметил)этил]глицин
Tris2-Амино-2-гидроксиметилпропан-1,3-диол


Для инкубационных сред типа раствора Кребса-Рингера, среды Игла, среды Веймоуса следует дать ссылку на литературный источник либо указать их состав.

Спектры и данные спектроскопии. Полные спектры печатаются только в тех случаях, если они содержат новую или важную информацию. Спектры поглощения в УФ- и видимой областях, флуоресценции, кругового дихроизма и дисперсии оптического вращения должны иметь шкалу длин волн (в нм или мкм). По возможности при описании поглощения, оптического вращения или кругового дихроизма нужно пользоваться терминами молярности. Как указывалось выше, аббревиатуры методов ДОВ, КД, ЭПР, ЭСР, ЯМР являются общепринятыми и не требуют расшифровки.

Видимая и УФ-абсорбционная спектроскопия. Величина lg(I0/I) характеризует оптическую плотность раствора; если рассеянием и отражением можно пренебречь, то эта величина практически характеризует поглощение. Если рассеяние учитывается, например, при количественной оценке клеточной плотности в культуре, следует употреблять более общий термин — пропускание (T). В других случаях используется термин «поглощение» (абсорбция, А), но не «экстинкция» или «оптическая плотность». Принятые символы: А — поглощение (lg(I0/I)), a — удельный коэффициент поглощения (л/г на 1 см), иногда используют A1%1см; ε — молярный коэффициент поглощения (численно равен поглощению 1 М раствора в кювете с длиной оптического пути 1 см), можно использовать единицы л/моль на 1 см или М-1×см-1, но не см2×моль-1. Длины волн (нм), при которых проводилось измерение, приводят без указания единиц: A1%1см. Знак равенства не пишется между ε или А и численной величиной.

ИК-Спектры приводятся в процентах трансмиссии (T) как функция длины волны (в мкм) или частоты (в см-1).

Оптическое вращение описывается величиной удельного вращения [α]tλ, численно равной вращению (в градусах) в растворе с концентрацией 1 г/мл при длине оптического пути 1 дм (10 см), длине волны λ, и температуре t. Необходимо указывать концентрацию раствора (г/100 мл) и растворитель, например [α]20420 27,5° (2 г на 100 мл метанола). Можно представлять данные в молярном выражении (молярное вращение): [M] = [α]×Mr и [m] = [α]×Mr/100 .

В случае биополимеров приводят дисперсию оптического вращения за счет усредненного остатка ([m]m.r.w.); размерность [m] — град×см2/дмоль.

Дисперсия оптического вращения характеризуется как изменение [α] или [m] в зависимости от длины волны или частоты.

Круговой дихроизм описывается величиной молярного адсорбционного коэффициента (Δε = = εL — εR, где εL и εR — коэффициенты поглощения света, поляризованного по кругу влево и вправо) или молярной эллиптичностью [θ]M. Для биополимеров часто используют молярные концентрации в расчете на усредненный остаток (Mr). Единицы молярного адсорбционного коэффициента — л/моль на 1 см или М-1×см-1, единицы молярной эллиптичности те же, что для оптического вращения [m] в расчете на усредненный остаток; соотношение между Δε и [θ]M выражается уравнением [θ]M = 3300×Δε.

Флуоресцентная спектроскопия. При описании спектров возбуждения и излучения флуоресценции (F) следует указывать, является ли спектр относительным, нормализованным или корректированным (указать способ коррекции). Данные поляризации флуоресценции и спектры описываются величиной степени поляризации Р или анизотропии А; обе величины безразмерные.

Статистическая обработка результатов. Данные значительного числа независимых экспериментов должны быть представлены так, чтобы можно было оценить их воспроизводимость и значимость. Если целью работы было определение количественных или статистических характеристик популяции, то существенная информация обычно выражается следующим образом: 1) число независимых экспериментов (повторные измерения на одном животном или результаты, полученные из целого ряда тканей, и т.д. дают только одну независимую оценку); 2) среднее значение; 3) стандартное отклонение; коэффициент вариации стандартной ошибки в оценке среднего значения. Следует ясно указать, использовались ли стандартное отклонение или стандартная ошибка. Удобной формой включения этих данных в таблицу является, например, такая: 263 ±2,5 (10), где цифра в скобках указывает число значений, использовавшихся для подсчета среднего.

Если утверждается значимость результатов, то следует провести тест на определение значимости и оценить вероятность.


[править] Порядок работы с рукописями (рецензирование, редакционная подготовка, корректура)

4.1. Поступившей в редакцию рукописи, присваивается регистрационный номер и фиксируется дата поступления, о чем редакция информирует авторов по электронной почте. Рукописи, оформленные не по правилам, возвращаются авторам без рассмотрения.


4.2. При сдаче рукописи в редакцию авторы должны указать двух потенциальных рецензентов (с полным именем и электронно-почтовым адресом) из числа специалистов в данной области исследований, а также тех, чье участие в рецензировании нежелательно. При этом авторы, представившие статью на русском языке, должны указать русскоязычных рецензентов (независимо от страны проживания), а авторы, представившие статью по-английски, — двух англоязычных рецензентов.

Желательно присылать рукопись одновременно на русском и английском языках.


4.3. Рукопись направляется на отзыв двум специалистам в данной конкретной области исследований; в спорных случаях по усмотрению редколлегии привлекаются дополнительные рецензенты; на основании экспертных заключений редколлегия определяет дальнейшую судьбу рукописи: принятие к публикации в представленном виде, необходимость доработки или отклонение.

Рукопись, получившая высшую оценку двух независимых рецензентов, печатается со специальной пометкой «Ускоренная публикация» (срок публикации — 4-5 месяцев).

В случае необходимости рукопись направляется авторам на доработку по замечаниям рецензентов и редакторов, после чего она повторно рецензируется и редколлегия вновь решает вопрос о приемлемости рукописи для публикации. В начале публикуемой статьи приводятся даты первоначального поступления рукописи в редакцию и после окончательной переработки.

Переработанная рукопись должная быть возвращена в редакцию в течение 3-х месяцев после получения авторами отзывов; в противном случае рукопись рассматривается как вновь поступившая.

Рукопись, получившая недостаточно высокие оценки при рецензировании, отклоняется как не соответствующая уровню или профилю публикаций журнала.


4.4. С 2003 г. редакция приступила к практике предварительной публикации рукописей (Papers in Press) на Интернет-сайте Biochemistry (Moscow) http://protein.bio.msu.ru/biokhimiya до выхода в свет статьи. По согласованию с авторами на сайте размещаются экспериментальные статьи на английском языке, получившие высшие оценки при рецензировании и принятые к публикации.


4.5. На всех стадиях работы с рукописями, а также для общения с авторами, редакторами и рецензентами редакция использует электронно-почтовую связь, поэтому авторы должны быть очень внимательны к указанному в рукописи электронному адресу и должны своевременно сообщать о происшедших изменениях.


4.6. Через месяц после сдачи очередного выпуска журнала на макетирование редакция рассылает авторам по электронной почте корректуру статьи в виде PDF-файла а также сопроводительное письмо, где описан порядок работы с корректурой.

На стадии корректуры не допускаются замены текста, рисунков или таблиц! Если все же это необходимо, то вопрос решается редколлегией; в крайнем случае статья снимается из номера.


[править] Англоязычный вариант журнала

5.1. Каждый выпуск журнала готовится одновременно на русском и английском языках для англоязычной версии журнала.

Перевод статей осуществляет группа высококвалифицированных переводчиков-биохимиков. При переводе у переводчиков часто возникает необходимость связаться с авторами и устранить неточности в русском тексте статьи. Согласованные с авторами исправления вносятся и в русский, и в английский тексты на стадии корректуры.

Авторы, достаточно хорошо владеющие профессиональным английским языком, представляют в редакцию свой аутентичный перевод статьи.

5.2. Переводы редактируются английской редакцией журнала под руководством д-ра Р. Х. Лозиера. Корректуру английского варианта статьи авторы также получают по электронной почте в виде смакетированного PDF-файла. На этой стадии авторы должны в кратчайшие сроки внести необходимые изменения и вернуть по электронной почте с перечнем исправлений.

5.3. После выхода журнала в свет редакция рассылает авторам PDF-файлы русского и английского вариантов статей.


БИОХИМИЯ
ISSN 0320-9725
отделение биологических наук РАН



Личные инструменты


Инструменты




molbiol.ru  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---


molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов     Rambler's Top100 Rambler